Résumé

Espèce emblématique et néanmoins menacée qui peuple les mers des régions tropicales et subtropicales du monde entier, la raie manta de récif (Mobula alfredi) est bien présente en Nouvelle-Calédonie. La population de l’archipel n’a cependant encore jamais été étudiée et la compréhension de sa biologie, son écologie, sa dynamique des populations et ses mouvements est encore limitée à l’échelle globale. L’acquisition de connaissances de références pourrait jouer un rôle essentiel pour la conservation de l’espèce. Cette thèse tente de décrire la population, sa structure et l’écologie spatiale de raies manta de Nouvelle-Calédonie en utilisant des approches diverses combinant la science participative à la télémétrie satellite et la génomique. Un suivi de cinq ans permettant la collecte de 1741 photo-identifications de raies manta a permis de connaitre les caractéristiques et la distribution de la population, d’estimer son abondance et d’obtenir un premier aperçu de son utilisation de l’espace et des potentielles sources de blessures. L’utilisation de 21 balises satellites a permis d’obtenir des données de déplacements et de comportements de plongées. Finalement, le séquençage du génome de 92 échantillons dont 73 provenant de quatre sites en Nouvelle-Calédonie et 19 de deux sites sur la côte Est de l’Australie a permis de révéler l’existence d’une structure génétique à l’échelle régionale et locale. Les résultats présentés dans cette thèse apportent les premières données sur la population de raies manta de récifs en Nouvelle-Calédonie et proposent les mesures et précautions qui devraient être prises pour évaluer et mitiger les possibles perturbations présentes et futures.