Cette séance est ouverte à toutes et tous.

Résumé

En Nouvelle-Cale?donie, l’e?levage de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris, a e?te? initie?e dans les anne?es 1970 et repre?sente, a? l’heure actuelle, une activite? socio-e?conomique majeure a? l’e?chelle du territoire. Cependant, depuis 2005, des mortalite?s larvaires massives non explique?es impactent l’ensemble des e?closeries de l’i?le et menacent la pe?rennite? des productions. L’eau de mer lagonaire, utilise?e pour les e?levages, posse?de des caracte?ristiques physico-chimiques et des assemblages microbiens susceptibles de varier en fonction de diffe?rents facteurs naturels et / ou anthropiques. Or les parame?tres environnementaux de l’eau et les communaute?s microbiennes associe?es aux e?levages influencent la qualite? des larves et donc leur survie. Dans ce contexte, cette the?se a eu pour objectif de de?terminer si les variations des communaute?s procaryotiques actives associe?es aux e?levages pouvaient expliquer les mortalite?s larvaires observe?es. Les travaux mene?s ont d’abord mis en e?vidence l’implication de transmissions verticales et horizontales au cours de la mise en place du microbiote larvaire de P. stylirostris. Puis, l’identification d’un core microbien (affilie?s aux familles bacte?riennes Rhodobacteraceae, Vibrionaceae, Stappiaceae, Alcanivoraceae, Litoricolaceae, Pseudoalteromonadaceae et Alteromonadaceae), associe? a? l’ensemble des e?chantillons d’e?levage conside?re?s et initialement pre?sent dans les œufs et les eaux de remplissage des bacs, a sugge?re? un impact durable de ces transmissions au cours du de?veloppement larvaire, et ce inde?pendamment de l’e?tat de sante? des e?levages. Une eutrophisation de l’environnement des larves a e?galement e?te? montre?e dans tous les e?levages soumis ou non a? des e?pisodes de fortes mortalite?s. Nous avons constate? que cette eutrophisation ainsi que l’ajout d’antibiotique, le de?veloppement larvaire et l’e?tat de sante? des e?levages entrai?naient des variations des communaute?s procaryotiques associe?es aux e?levages larvaires de P. stylirostris. Enfin, des biomarqueurs bacte?riens de la sante? (affilie?s aux familles Rhodobacteraceae, Bdellovibrionaceae et Saprospiraceae pour les e?levages en bonne sante? et aux genres Portibacter, Ponticaulis, Oceanococcus, Turicella, P3OB-42 et Celeribacter pour les e?levages en mauvaise sante?) des e?levages ont e?te? mis en e?vidence. A? court terme, ces biomarqueurs devraient permettre la mise au point d’outils de de?tection de type PCR ou qPCR. Cette the?se offre e?galement de nouvelles perspectives de travail quant a? une meilleure gestion des communaute?s microbiennes associe?es aux e?levages notamment par le de?veloppement de nouvelles souches probiotiques.

Mots cle?s : communaute?s procaryotiques actives, biomarqueurs bacte?riens, e?levages larvaires, crevette bleue du Pacifique Penaeus stylirostris, me?ta-analyse

 Composition du jury

• Benjamin Misson, maître de conférences HDR, Université de Toulon
• Ludwig Jardillier, professeur, Université Paris-Saclay
• Christine Paillard, directrice de recherche, Université de Bretagne Occidentale, Brest
• Pierre Galland, directeur de recherche, CNRS laboratoire ARAGO
• Yves Letourneur, professeur, UNC ENTROPIE
• Viviane Boulo, cadre de recherche, IFREMER Université de Montpellier
• Nazha Selmaoui Folcher, professeure, UNC ISEA
• Nolwenn Callac, cadre de recherche, IFREMER Nouvelle-Calédonie

Partenaire de la thèse

IFREMER

Contact

Carolane Giraud