Les sols abritent une multitude de micro-organismes qui participent à l’équilibre des écosystèmes. Leur bonne santé est essentielle pour l’agriculture et la restauration des milieux naturels. Par ailleurs, ces microorganismes participent également à la mise en place d’adaptations spécifiques développées par les espèces végétales en réponse à des stress environnementaux ; notamment le stress métallique, très présent dans certains écosystèmes néo-calédoniens. Or, tous ces microorganismes sont invisibles à l’œil nu, et une très grande majorité d’entre eux n’est pas cultivable. C’est pourquoi, leur détection, via des approches moléculaires révolutionnaires se basant sur l’ADN environnemental (ADNe), permet d’avoir une cartographie des microorganismes présents et ainsi inférer l’état de santé des sols et des écosystèmes. Leur détection en association avec différents espèces végétales, notamment les espèces hyper-accumulatrices ou résistantes au Nickel, permet également de mieux comprendre comment des associations microbiennes spécifiques permettent des adaptations végétales particulières.