Soutenance de thèse – Évaluation de la capacité de bioremédiation des sédiments aquacoles par les espèces halophytes et leur microbiote associé dans les fermes de Nouvelle-Calédonie

Jeudi 5 octobre à 17 h 30 à l’amphi 400 de l’UNC, Marie Colette soutiendra sa thèse en vue de l’obtention du grade de docteur sur l'Évaluation de la capacité de bioremédiation des sédiments aquacoles par les espèces halophytes et leur microbiote associé dans les fermes de Nouvelle-Calédonie.

Cette thèse est financée principalement par une bourse d’encouragement à la recherche universitaire (BERU) et l’Agence Rurale de la Nouvelle-Calédonie https://youtu.be/B5fDPS25Kcw?si=S5mvhmzBeWLBZYNK

Résumé
En Nouvelle-Calédonie, l’élevage de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris se déroule en bassins de grossissement, où cette culture génère une quantité importante de déchets organiques qui finissent piégés dans les sédiments. En excès, l’accumulation de ces déchets organiques peut conduire à une eutrophisation de l’écosystème aquacole et nuire à la santé des crevettes. Une voie prometteuse pour traiter ces accumulations de déchets organiques serait la bioremédiation en utilisant des plantes halophiles et le microbiote associé à leurs rhizosphères. Par une approche intégrée et pluridisciplinaire, ce projet de thèse visait à évaluer si la culture d’halophytes et de son microbiote de la rhizosphère permet d’épurer les sédiments impactés par l’activité aquacole. A travers des expérimentations menées en serre, ce travail a démontré que la culture d’halophytes et de leur microbiote associé, permet de réduire les teneurs en azote, soufre et phosphore du sédiment mais que l’efficacité de la bioremédiation dépend en grande partie des caractéristiques physico-chimiques du sédiment. Par ailleurs, les cortèges microbiens recrutés dans la rhizosphère sont différents entre les espèces halophytes Atriplex jubata, Sarcocornia quinqueflora ou Suaeda australis. Il en résulte que les fonctions et guildes microbiennes liées aux cycles biogéochimiques du sédiment diffèrent également entre les espèces halophytes. Ainsi, l’intégration de la culture d’halophytes aux activités crevetticoles présente un fort potentiel d’application et de valorisation mais des essais sont encore nécessaires avant de pouvoir développer ce système à l’échelle d’un bassin.

Composition du jury

Valérie Burtet, Professeure des universités, UNC-ISEA

Luc Della Patrona, Cadre de recherche HDR, IFREMER

Joël Fontaine, Professeur des universités, ULCO-UCEIV

Linda Guentas, Maîtresse de conférence HDR, UNC-ISEA

Thierry Laugier, Directeur de recherche, UMR Marbec, Sète

Cyril Marchand, Professeur des universités, UNC-ISEA

Joséphine Peigne, Chercheure HDR, ISARA, Lyon

Marie Simonin, Chercheure HDR, INRAE, Angers

Partenaires de la thèse
ISEA, IFREMER

Contact
Marie Colette